Mnoge spojine se očistijo s kristalizacijo iz vodne raztopine. Kristal izključuje številne onesnaževalce, vendar se voda lahko prilega kristalni rešetki, ne da bi bila kemično vezana na kation spojine. Uporaba toplote lahko odvzame to vodo, vendar postopek običajno poškoduje kristalno strukturo. To je v redu, če je cilj pridobiti čisto spojino. Pri gojenju kristalov za kristalografijo ali druge namene je morda nezaželeno.
Včasih sta obe obliki združeni. Na primer, [Cu (H2O)4] SO4· H2O lahko uporabimo za opisovanje kristalizacije vode bakrovega (II) sulfata.
Voda je majhna, polarna molekula, ki je zlahka vgrajena v kristalne rešetke, vendar ni edino topilo, ki ga najdemo v kristalih. Pravzaprav večina topil ostane v večji ali manjši meri v kristalu. Pogost primer je benzen. Da bi čim bolj zmanjšali učinek topila, kemiki običajno s pomočjo vakuumske ekstrakcije poskušajo čim več odstraniti in lahko segrejejo vzorec, da se odstrani preostalo topilo. Rentgenska kristalografija lahko pogosto zazna topilo znotraj kristala.