Molekularne spojine vsebujejo dve ali več nemetali (ne amonijev ion). Običajno lahko prepoznate molekularno spojino, ker je prvi element v imenu spojine nemetal. Nekatere molekularne spojine vsebujejo vodik, če pa vidite spojino, ki se začne z "H", lahko domnevate, da gre za kislino in ne za molekularno spojino. Spojine, sestavljene samo iz ogljika z vodikom, imenujemo ogljikovodiki. Ogljikovodiki imajo svojo posebno nomenklaturo, zato jih obravnavamo drugače kot druge molekularne spojine.
Nemetali se lahko kombinirajo v različnih razmerjih, zato je pomembno, da ime molekularne spojine kaže, koliko atomov vsake vrste elementov je v spojini. To se doseže z uporabo predpone. Če je samo en atom prvega elementa, se ne uporablja predpona. V navadi je ime enega atoma drugega elementa predpona. CO se na primer imenuje ogljikov monoksid in ne ogljikov oksid.
Formulo kovalentne spojine lahko napišete iz njenega imena, tako da napišete simbole za prvi in drugi element ter prefikse prevedete v naročnine. Na primer, ksenonski heksafluorid bi bil napisan XF
6. Študentom je običajno, da imajo težave pri pisanju formul iz imen spojin, saj so ionske spojine in kovalentne spojine pogosto zamenjene. Ne uravnotežite nabojev kovalentnih spojin; če spojina ne vsebuje kovine, ne poskušajte uravnotežiti tega!