Španski konkvistadorji so dosegli otoke Filipini leta 1521. Državo so poimenovali po Kralj Filip II Španije leta 1543, ki je prizadela kolonizirati arhipelag kljub neuspehom, kot je bila smrt leta 1521 Ferdinand Magellan, ki so jo v bitki Lapu-Lapujevega morja ubile na otoku Mactan.
Od 1565 do 1821 je Filipini iz Mexico Cityja vladala viceproramentu Nove Španije. Leta 1821 se je Mehika osamosvojila, španska vlada v Madridu pa je neposredno nadzirala Filipine.
V obdobju med letoma 1821 in 1900 se je filipinski nacionalizem ukoreninil in prerasel v aktivno protitimorsko revolucijo. Ko so ZDA v Španiji premagale Španijo Špansko-ameriška vojna leta 1898 Filipini niso pridobili neodvisnosti, temveč so postali ameriška posest. Posledično je gverilska vojna proti tujemu imperializmu preprosto spremenila cilj svoje besa iz španske v ameriško.
Trije ključni voditelji so navdihnili ali vodili filipinsko gibanje za neodvisnost. Prva dva - Jose Rizal in Andres Bonifacio - bi za svojo stvar podarila mlado življenje. Tretji, Emilio Aguinaldo, ni samo preživel, da bi postal prvi predsednik Filipinov, ampak je živel do svoje sredi 90-ih.
Jose Rizal je bil sijajen in več talentiran človek. Bil je zdravnik, romanopisec in ustanovitelj La liga, miroljubna protikolonialna tlačna skupina, ki se je srečala le enkrat leta 1892, preden so španske oblasti aretirale Rizal.
Jose Rizal je navdihnil svoje privržence, vključno z ognjenim upornikom Andresom Bonifaciom, ki se je udeležil tistega izvirnega srečanja v La Ligi in je ponovno ustanovil skupino po Rizalovi aretaciji. Bonifacio in dva sodelavca sta tudi poleti 1896 poskušala rešiti Rizal s španske ladje v pristanišču Manila. Do decembra pa je 35-letnega Rizalca sodilo v lažnem vojaškem sodišču in ga usmrtila španska strelna enota.
Andres Bonifacio iz osiromašene družine nižjega srednjega razreda v Manili se je pridružil Joseju Rizalu miroljubna skupina La Liga, a tudi verjeli, da je treba Špance z Filipinov pregnati mimo silo. Ustanovil je uporniško skupino Katipunan, ki je leta 1896 razglasila neodvisnost od Španije in obkrožila Manilo z gverilci.
Bonifacio je bil ključnega pomena za organizacijo in spodbujanje nasprotja španski vladavini. Razglasil se je za predsednika na novo neodvisnih Filipinov, čeprav njegove trditve ni priznala nobena druga država. V resnici so celo drugi filipinski uporniki izpodbijali Bonifaciovo pravico do predsedstva, saj mladi vodja ni imel univerzitetne diplome.
Le leto po tem, ko je gibanje v Katipunanu začelo svoj upor, je Andresa Bonifacio v starosti 34 let usmrtil njegov rojeni upornik Emilio Aguinaldo.
Družina Emilio Aguinaldo je bila razmeroma bogata in je imela politično oblast v mestu Cavite, na ozkem polotoku, ki skoči v zaliv Manila. Aguinaldove sorazmerno privilegirane razmere so mu omogočile dobro izobrazbo, kot je to naredil Jose Rizal.
Aguinaldo se je leta 1894 pridružil gibanju Katipunana Andresa Bonifacija in postal general na območju Cavite, ko je leta 1896 izbruhnila odprta vojna. Imel je boljši vojaški uspeh kot Bonifacio in je zaradi pomanjkljive izobrazbe gledal na samoimenovanega predsednika.
Ta napetost je prišla na vrsto, ko je Aguinaldo nameščal volitve in se namesto Bonifacija razglasil za predsednika. Konec istega leta naj bi Aguinaldo po sramnem sojenju pogubil Bonifacija.
Aguinaldo je po izročitvi Špancem odšel v izgnanstvo konec leta 1897, a so ga vrnili v Filipini s strani ameriških sil leta 1898, da bi se pridružile boju, ki je po skoraj štirih stoletjih izrinila Španijo. Aguinaldo je bil priznan kot prvi predsednik neodvisne Filipinske republike, vendar je bil ko je v njej izbruhnila filipinsko-vojna, se je v vodstvo upornikov znova prisilil v gore 1901.