V mezencefalonu se nahaja več struktur, vključno s tektumom, tegmentumom, možganskim steblom, substantia nigra, drobtino in lobanjske živce (okulomotor in trohlear). The tektum sestoji iz zaobljenih izboklin, imenovanih kolike, ki sodelujejo v procesih vida in sluha. The možganski peduncle je snop živčnih vlaken, ki povezujejo sprednji in zadnjični možgan. Cerebralni pedunke vključuje tegementum (tvori osrednji del možganov) in drobnice (živčni trakt, ki povezuje možganov s možganov). The substantia nigra ima živčne povezave z čelne režnje in druga področja možganov, ki sodelujejo pri motoričnih funkcijah. Celice v substantia nigra proizvajajo tudi dopamin, kemični sel, ki pomaga pri usklajevanju mišice premikanje.
Nevrodegeneracija živčne celice v resnici nigra povzroči opustitev proizvodnje dopamina. Pomembna izguba ravni dopamina (60-80%) lahko povzroči razvoj Parkinsonove bolezni. Parkinsonova bolezen je a živčni sistem motnja, ki ima za posledico izgubo motoričnega nadzora in koordinacije. Simptomi vključujejo tresenje, počasnost gibanja, togost mišic in težave z ravnotežjem.