TBE in TAE se uporabljajo kot pufri v molekularni biologiji, predvsem za elektroforeza nukleinskih kislin. Tris pufri se uporabljajo pri rahlo osnovnih pH vrednostih, kot pri elektroforezi DNA, ker ta zadržuje DNK topen v raztopini in deprotoniran, tako da ga bo pritegnila pozitivna elektroda in se bo preselila skozi a gel. EDTA je sestavina raztopine, ker je ta pogosta kelatno sredstvo ščiti nukleinske kisline pred razgradnjo encimov. EDTA helativavalentne katione, ki so kofaktorji za nukleaze, ki lahko kontaminirajo vzorec. Ker pa je magnezijev kation kofaktor DNK polimeraze in restrikcijskih encimov, koncentracija EDTA ostane namensko nizka (približno 1 mM koncentracija).
Raztopine vam ni treba sterilizirati. Čeprav lahko padavine nastanejo čez čas, je osnovna raztopina še vedno uporabna. PH lahko prilagodite s pomočjo pH metra in kapljičnim dodajanjem koncentriranega klorovodikova kislina (HCl). Dobro je shraniti TBE pufer pri sobni temperaturi, čeprav boste morda želeli filtrirati osnovno raztopino skozi 0,22-mikronski filter, da odstranite delce, ki bi spodbudili padavine.
Uporaba naključne rešitve 5X ali 10X bo dala slabe rezultate, ker se bo ustvarilo toliko toplote. Poleg slabe ločljivosti se lahko vzorec poškoduje.
Čeprav sta TBE in TAE običajna blažilnika elektroforeze, obstajata druge možnosti za prevodne raztopine z nizko molarnostjo, vključno z litijev boratnim puferjem in natrijevim boratnim pufrom. Težava TBE in TAE je v tem, da pufri, ki temeljijo na Trisu, omejujejo električno polje, ki ga lahko uporabimo pri elektroforezi, ker preveč naboja povzroči odtekanje temperature.