Na volitvah leta 1800 ni bilo uradnih kandidatov za podpredsednika. V skladu z ameriško ustavo so volivci sprejeli dve odločitvi za predsednika in kdor je prejel največ glasov, je postal predsednik. Oseba z drugim največ glasovi je postala podpredsednica. To bi se spremenilo s sprejetjem 12. amandmaja.
Kljub temu da ni uradnega kandidata za podpredsednika, je Thomas Jefferson kandidiral z Aaronom Burrjem kot svojim tekaškim prijateljem. Njihova "vozovnica" je prejela največ glasov in volivci so dobili odločitev, kdo bo predsednik. John Adams je bil seznanjen s Pinckneyjem ali z Jayom. Vendar pa po podatkih Nacionalnega arhiva ni bilo nobene uradne evidence o številu priljubljenih glasov.
Med Thomasom Jeffersonom in Aaronom Burrjem je bil po 73 glasov vsakega volilnega glasovanja. Zaradi tega se je predstavniški dom moral odločiti, kdo bo predsednik in kdo podpredsednik. Zaradi intenzivne kampanje s strani Aleksander Hamilton, Thomas Jefferson je bil po 35 glasovnicah izbran za Aarona Burrja. Hamiltonova dejanja bi bila en dejavnik, ki je privedel do njegove smrti v dvoboju z Burrjem leta 1804.