Splošno Ulysses Grant velike zmage v Fortsu Henryja in Donelsona februarja 1862 so povzročile umik konfederacijskih sil ne le iz države Kentucky, temveč tudi iz večine zahodnega Tennesseeja. Brigadni general Albert Sidney Johnston je v Mississippiju in okoli njega postavil svoje sile, ki so štele 45.000 vojakov. Ta lokacija je bila pomembno prometno središče, saj je bila stičišče za železniške proge Mobile & Ohio in Memphis & Charleston, ki jih pogosto imenujejo "križišče konfederacije'.
General Johnston umre med napadom ostrenja
Do aprila 1862 je armada generala majorja Granta v Tennesseeju narasla na skoraj 49.000 vojakov. Potrebovali so počitek, zato je Grant naredil tabor na zahodni strani reke Tennessee v pristanišču Pittsburg, medtem ko je čakal na ponovne uveljavitve in tudi na usposabljanje vojakov, ki niso imeli izkušenj z bitko. Grant je načrtoval tudi z brigadnim generalom Williamom T. Sherman zaradi njihovega napada na konfederacijsko vojsko v Corintu v Mississippiju. Nadalje je Grant čakal na vojsko Ohio, ki ji je poveljeval generalmajor Carlos Carlos Buell.
Namesto da bi sedel in čakal v Korintu, je general Johnston svoje konfederacijske čete premaknil v bližini pristanišča Pittsburg. 6. aprila 1862 je Johnston nepričakovano napadel Grantovo vojsko, ki je potiskala hrbet proti reki Tennessee. Okoli 14:15 popoldne tistega dne so Johnsona ustrelili za desno koleno in v eni uri umrl. Pred smrtjo je Johnston poslal svojega osebnega zdravnika na zdravljenje poškodovanih vojakov Unije. Obstajajo ugibanja, da Johnston ni imel poškodbe desnega kolena zaradi otrplosti iz a rana na medenici, ki jo je pretrpel dvoboj, ki se je med vojno v Teksasu boril za neodvisnost v 1837.
Grant's Counter Attack
Konfederacijske sile je zdaj vodil general Pierre G.T. Beauregard. Čeprav so verjele, da so bile sile Granta ranljive, je Beauregard sprejel, kar bi se izkazalo za nespametno odločitev, da bo prvi dan prenesel boj blizu mraka.
Tistega večera je generalmajor Buell in njegovih 18.000 vojakov končno prispelo v Grantov tabor blizu pristanišča Pittsburg. Zjutraj je Grant izvedel protinapad proti konfederacijskim silam, kar je povzročilo veliko zmago vojske Unije. Poleg tega sta Grant in Sherman sklenila tesno prijateljstvo na bojišču v Shilohu, s katerim sta ostala jih je v celotni državljanski vojni in zagotovo pripeljala do končne zmage Unije na koncu te konflikt.
Bitka pri Shilohu
The Bitka pri Shilohu je verjetno ena najpomembnejših bitk državljanske vojne. Poleg izgube bitke je Konfederacija utrpela izgubo, ki bi jih lahko stala vojna - smrt brigadnega generala Alberta Sidneyja Johnstona, ki se je zgodila prvi dan bitke. Zgodovina je smatrala, da je general Johnston v času svoje smrti bil najbolj sposobni poveljnik Konfederacije - Robert E. Lee v tem času ni bil terenski poveljnik - saj je Johnston bil poklicni vojaški častnik z več kot 30-letnimi aktivnimi izkušnjami. Do konca vojne bi bil Johnston najvišji častnik, ubit na obeh straneh.
Bitka pri Shilohu je bila do takrat najbolj smrtonosna bitka v ZDA, z žrtvami, ki so na obeh straneh presegle skupno 23.000. Po bitki pri Šilotu je bilo Grantu povsem jasno, da bo edini način za poraz konfederacije uničiti njihove vojske.
Grant Excel kljub svojemu alkoholu
Čeprav je Grant prejel tako pohvale kot kritike za svoja dejanja, ki so vodila do bitke pri Šilohu in med njo, major General Henry Halleck je odstranil Granta iz poveljstva vojske Tennesseeja in poveljstvo prenesel na brigadirja generala George H. Thomas. Halleck je svojo odločitev delno utemeljil z obtožbami o alkoholizmu s strani Granta in spodbujal Grant v položaj, da je bil drugi poveljnik zahodnih vojsk, kar je Grantu v bistvu odvzelo, da bi bil aktivno področje poveljnik. Grant je hotel poveljevati in bil je pripravljen odstopiti in oditi, dokler ga Sherman ni prepričal v drugače.
Po Shilohu je Halleck polž doplaval do Korinta, Mississippi pa je potreboval 30 dni, da je svojo vojsko premikal 19 milj in je vso konfederacijsko silo tam postavil le, da je šel stran. Ni treba posebej poudarjati, da je bil Grant vrnjen na mesto poveljstva vojske Tennesseeja, Halleck pa je postal generalni general Unije. To pomeni, da se je Halleck oddaljil od fronte in postal birokrat, katerega glavna odgovornost je bilo usklajevanje vseh sil Unije na terenu. To je bila ključna odločitev, saj se je Halleck v tem položaju odlično znašel in dobro sodeloval z Grantom, ko sta se še naprej borila proti konfederaciji.