Vodne skupnosti so glavni vodni habitati na svetu. Všeč kopenski biomilahko tudi vodne skupnosti razdelimo na podlagi skupnih značilnosti. Dve skupni označbi sta sladkovodne in morske skupnosti.
Sladkovodne skupnosti
Reke in potoki so vodna telesa, ki se neprestano premikajo v eno samo smer. Obe se hitro spreminjata skupnosti. Izvor reke ali potoka se običajno bistveno razlikuje od točke, ko se reka ali potok izprazni. V teh sladkovodnih skupnostih najdemo različne rastline in živali, vključno s postrvi, alge, cianobakterije, glivein seveda različne vrste rib.
Estuariji so območja, kjer se sladkovodni potoki ali reke srečujejo z oceanom. Te zelo produktivne regije vsebujejo zelo raznoliko rastlinsko in živalsko življenje. Reka ali potok običajno nosi veliko hranilnih snovi iz celinskih virov, zaradi česar so ustja sposobna podpirati to bogato raznolikost in visoko produktivnost. Estuariji se hranijo in gnezdijo za različne živali, vključno z vodnimi pticami, plazilci, sesalciin dvoživke.
Jezera in ribniki so stoječa vodna telesa. Številni potoki in reke se končajo v jezerih in ribnikih. Fitoplankton se običajno nahaja v zgornjih plasteh. Ker se svetloba absorbira le do določenih globin, fotosinteza je pogost le v zgornjih plasteh. Jezera in ribniki podpirajo tudi raznoliko rastlinsko in živalsko življenje, vključno z majhnimi ribami, slanicami, kozicami in številnimi rastlinskimi vrstami.
Morske skupnosti
Oceani pokrivajo približno 70% zemeljske površine. Morske skupnosti je težko razdeliti na različne vrste, vendar jih je mogoče razvrstiti glede na stopnjo prodiranja svetlobe. Najenostavnejša klasifikacija je sestavljena iz dveh ločenih območij: fotična in afotična cone. Fotična cona je svetlobna cona ali območje od površine vode do globin, pri katerih je intenzivnost svetlobe le približno 1 odstotek intenzitete na površini. V tej coni se pojavi fotosinteza. Velika večina morskega življenja obstaja v fotičnem območju. Afotična cona je območje, ki dobiva malo ali nič sončne svetlobe. Okolje v tem območju je izredno temno in hladno. Organizmi, ki živijo v afotskem območju, so pogosto bioluminescentni ali ekstremofili in spretni pri življenju v ekstremnih okoljih. Tako kot druge skupnosti tudi v oceanu živijo številni organizmi. Nekatere vključujejo glive, gobice, morske zvezde, morske anemone, ribe, raki, dinoflagelati, zelene alge, morskih sesalcevin velikanske alge.