Pogoji, ki so zajeli vojake Unije, so zdržali v konfederaciji Zapor Andersonville so bili grozljivi. V 18 mesecih delovanja zapora je umrlo skoraj 13.000 vojakov Unije podhranjenost, bolezni in izpostavljenost elementom zaradi nečloveškega ravnanja Andersonvilleovega poveljnika Henry Wirz. Torej ne bi smelo biti presenetljivo, da je njegovo pregon zaradi vojnih zločinov po predaji Juga najbolj znano sojenje, ki izhaja iz Državljanska vojna. Ni pa tako znano, da je bilo konfederatov skoraj tisoč drugih vojaških pregonov. Veliko teh je bilo zaradi trpinčenja zajetih vojakov Unije.
Henry Wirz
Henry Wirz je 27. marca 1864, približno en mesec po tem, ko so tja prispeli prvi ujetniki, prevzel vodenje zapora Andersonville. Eno prvih dejanj Wirza je bilo ustvariti območje, imenovano ograja z mrtve črte, zasnovano za povečanje varnosti, tako da zapornike oddaljuje od zidu. Zaporniki so ga ustrelili vsakega zapornika, ki je prestopil "mrtvo črto". Med Wirzovo vladavino kot poveljnikom je uporabil grožnje, da je zapornike držal v vrsti. Ko se zdi, da grožnje niso delovale, je Wirz ukazal straže, da ustrelijo zapornike. V
Maja 1865, Wirza aretirali v Andersonvillu in ga prepeljali v Washington DC. čakati na sojenje. Wirza so poskušali poškodovati in / ali ubiti ujete vojake, ker mu je nepravilno onemogočil dostop do hrane, sanitetnega materiala in oblačil. Obtožen je bil tudi umora zaradi osebne usmrtitve več zapornikov.Na njegovem vojaškem sojenju, ki je trajalo od 23. avgusta do 18. oktobra 1865, je proti Wirzu pričalo približno 150 prič. Potem ko je bil spoznan za krivega po vseh obtožbah zoper njega, je bil Wirz obsojen na smrt in 10. novembra 1865 obešen.
James Duncan
James Duncan je bil še en častnik iz zapora Andersonville, ki so ga prav tako aretirali. Duncan, ki je bil dodeljen v pisarno četverice, je bil obsojen zaradi uboja zaradi namernega zadržanja hrane zapornikov. Obsojen je bil na 15 let trdega dela, vendar je pobegnil, ko je odslužil le eno leto kazni.
Champ Ferguson
Champ Ferguson je bil na začetku državljanske vojne kmet v vzhodnem Tennesseeju. Prebivalstvo tega območja je bilo precej enakomerno razdeljeno med podporo Uniji in konfederacijo. Ferguson je organiziral gverilsko družbo, ki je napadala in ubijala simpatizerje Unije. Ferguson je deloval tudi kot skavt za polkovnika Konjica iz Kentuckyja John Hunt Morgan, Morgan pa je Fergusona napredoval v čin kapitana partizanskih rendžerjev. Kongresni kongres je sprejel ukrep, imenovan zakon o partizanskem rendžeru, ki je omogočil novačenje ilegalcev v službo. Treba je opozoriti, da je bil zaradi pomanjkanja discipline med partizanskimi rendžerji general Robert E. Lee konfederacijski kongres februarja 1864 pozval k razveljavitvi zakona. Po sojenju pred vojaškim sodiščem je bil Ferguson obsojen zaradi uboja več kot 50 zajetih vojakov Unije. Usmrčen je bil oktobra 1865.
Robert Kennedy
Robert Kennedy je bil konfederacijski oficir, ki so ga zajele sile Unije in je bil zaprt v vojaškem zaporu Johnson's Island. Zapor je bil v zalivu Sandusky, ki je na obali jezera Erie le nekaj milj od Sanduskyja v Ohiu. Kennedy je oktobra 1864 pobegnil z Johnsonovega otoka in se podal v Kanado, ki je ohranila nevtralnost do obeh strani. Kennedy se je srečal z več konfederacijskimi častniki, ki so Kanado uporabljali kot izhodišče za izvajanje vojnih dejanj proti Uniji. Sodeloval je v zaroti za zagon ognja v številnih hotelih, pa tudi v muzeju in gledališču v New Yorku z namenom premagati lokalne oblasti. Vsi požari so bili hitro pogasljeni ali niso povzročili škode. Kennedy je bil edini ujet. Po sojenju pred vojaškim sodiščem so marca 1865 usmrtili Kennedyja z obešanjem.