Cilia in flagella imajo jedro, sestavljeno iz mikrotubul, ki so povezane z plazemska membrana in urejena v tistem, kar je znano kot 9 + 2 vzorec. Vzorec je tako poimenovan, ker je sestavljen iz obroča devetih sklopov (dvojnikov) z mikrotubuli, ki obkrožata dve ednini mikrotubule. Ta sveženj mikrotubul v razdelku 9 + 2 se imenuje an aksonema. Osnova cilije in flagela je s celico spremenjena centriole imenovane strukture bazalna telesa. Gibanje nastane, ko devet parnih nizov mikrotubul aksonema drsi drug proti drugemu, zaradi česar se cilija in flagela upognejo. Dinein motorni protein je odgovoren za ustvarjanje sile, potrebne za gibanje. Tovrstno organizacijo najdemo v večini evkariontskih čilijev in flagelov.
Primarna funkcija cilija in flagella je gibanje. So sredstva, s katerimi se mnogi mikroskopski enocelični in večcelični organizmi premikajo od kraja do kraja. Veliko teh organizmov najdemo v vodnem okolju, kjer jih poganjajo utripi cilija ali udarci bičkov, podobnih bičem. Proti in
bakterijena primer, uporabite te strukture, da se premaknete proti dražljaju (hrana, svetloba), stran od dražljaja (toksin) ali da ohranite njihov položaj na splošnem mestu. V višjih organizmih se cilija pogosto uporablja za poganjanje snovi v želeni smeri. Nekatere cilije pa ne delujejo v gibanju, ampak v zaznavanju. Primarni cilija, ki jih najdemo v nekaterih organov in plovila lahko zaznajo spremembe v okoljskih razmerah. Celice, ki obložijo stene krvnih žil primer te funkcije. Primarni cilija v endotelijskih celicah krvnih žil spremljajo silo kri teče skozi posode.Tako cilia kot flagella najdemo v številnih vrste celic. Na primer, sperme od mnogih živali, alge, in celo praproti imajo flagele. Prokariontski organizmi imajo lahko tudi en sam flagellum ali več. Bakterija lahko ima na primer: en flagellum, ki se nahaja na enem koncu celice (montrichous), enega ali več flagella, ki se nahajajo na obeh koncih celica (amfitrična), več flagelov na enem koncu celice (lofotrihozno) ali flagele, razporejene po celotni celici (peritrično). Cilia je mogoče najti na območjih, kot je dihal in ženskega reproduktivnega trakta. V dihalih cilija pomaga odvajati sluz, ki vsebuje prah, mikrobe oz. cvetni prahin druge naplavine proč od pljuča. V ženskem reproduktivnem traktu cilija pomaga pometati spermo v smeri maternice.