Na podlagi arheoloških najdb je bilo postavljeno, da hominid dejavnost na Japonskem lahko začne že 200.000 B.C. ko so bili otoki povezani z azijsko celino. Čeprav nekateri učenjaki dvomijo o tem zgodnjem datumu bivanja, se večina strinja, da približno 40.000 B.C. ledeništvo je otoke povezalo s celino.
Prebivalstvo Japonske dežele
Na podlagi arheoloških dokazov se strinjajo tudi, da je od 35.000 do 30.000 B.C. Homo sapiens se je priselil na otoke iz vzhodne in jugovzhodne Azije in imel dobro uveljavljene vzorce lova in nabiranja in izdelave kamnov. Kamniško orodje, najdišča in človeški fosili iz tega obdobja so našli na vseh japonskih otokih.
Obdobje Jomon
Stabilnejši življenjski vzorci so povzročili približno 10.000 B.C. do Neolitik ali, kot trdijo nekateri učenjaki, Mezolitik kultura. Morebiti oddaljeni predniki Ainu staroselcev sodobne Japonske, pripadniki heterogene Jomon kulture (ca. 10.000–300 BC) je pustil najjasnejši arheološki zapis. Do 3.000 pred našim štetjem so Jomonci izdelovali glinene figure in posode, okrašene z vzorci, ki so jih naredili vtis na mokra glina z zapleteno ali nepleteno vrvico in palice (Jomon pomeni "vzorci pletene vrvice") z naraščajočim prefinjenost. Ti ljudje so uporabljali tudi razrezano kamnito orodje, pasti in loke in bili lovci, nabiralci in spretni ribiči na morju in v morju. Ukvarjali so se z rudimentarno obliko kmetijstva in živeli v jamah in kasneje v začasnih skupinah stanovanja v plitvih jamah ali nadzemne hiše, ki puščajo bogate kuhinjske srednje prostore za sodobno antropološko študijo.
Glede na arheološke študije je do poznega Jomonovega obdobja prišlo do dramatičnega premika. Vzgoja gojenja se je razvila v prefinjeno gojenje riža in obvladovanje vlade. Iz tega obdobja lahko izvirajo tudi številni drugi elementi japonske kulture in odražajo zmešane migracije s severne azijske celine in južnih pacifiških območij. Med temi elementi so šinto mitologija, zakonski zakoni, arhitekturni slogi in tehnološki razvoj, kot so lakiranje, tekstil, obdelava kovin in izdelava stekla.
Javno obdobje
Naslednje kulturno obdobje, Yayoi (imenovano po odseku Tokija, kjer so arheološke preiskave odkrite njegove sledi) je cvetela med približno 300 B.C. in A. D. 250 od južnega Kyushuja do severnega Honshu Najzgodnejši od teh ljudi, za katere se domneva, da so se iz Koreje preselili v severni Kyushu in se pomešali z Jomonom, so uporabljali tudi orodje za sekanje kamnov. Čeprav je bila lončarstvo Yayoi bolj tehnološko dovršena, je bila bolj preprosto okrašena kot posoda Jomon.
Yayoi so izdelovali bronaste ceremonialne nefunkcionalne zvonove, ogledala in orožje ter do prvega stoletja A.D., železno kmetijsko orodje in orožje. Ko se je prebivalstvo povečevalo in družba postajala bolj zapletena, so tkali tkanine, živeli v trajnih kmečkih vaseh, gradili stavbe iz lesa in kamna, nakopičile bogastvo z lastništvom zemlje in skladiščenjem žita ter razvile različne družbene razredov. Njihova namakana mokra riževa kultura je bila podobna kulturi v osrednji in južni Kitajski, ki je zahtevala velike vložke človeškega dela, kar je privedlo do razvoja in morebitne rasti zelo sedeče agrarne družbe.
Za razliko od Kitajske, ki je morala izvesti množična javna dela in projekte nadzora vode, kar je vodilo do visoko centralizirane vlade, je imela Japonska obilo vode. Na Japonskem je bil tedaj lokalni politični in družbeni razvoj sorazmerno pomembnejši od dejavnosti osrednje oblasti in stratificirane družbe.
Najstarejši pisni zapisi o Japonski so iz kitajskih virov iz tega obdobja. Wa (japonska izgovorjava zgodnjega kitajskega imena za Japonsko) je bila prvič omenjena v 57. letu A.D. Zgodnji kitajski zgodovinarji so Wa opisali kot deželo stotine razpršenih plemenskih skupnosti, ne pa enotna dežela s 700-letno tradicijo, kot je bila določena v Nihongiju, ki je temelj Japonske 660 B.C.
Kitajski viri iz tretjega stoletja poročajo, da so prebivalci Wa živeli surovo zelenjavo, riž in ribe, ki so jih postregli z bambusovimi in lesenimi pladnji, imeli odnose med vazalci in gospodarji, pobirali davke, deželne kašče in trgi, ploskali so v bogoslužje (nekaj se še vedno dogaja v šintoloških svetiščih), vodili so silovit boj za nasledstvo, gradili zemeljske grobnice in opazovali žalovanje. Himiko, vladarica zgodnje politične federacije, znana kot Yamatai, je cvetela v tretjem stoletju. Medtem ko je Himiko kraljevala kot duhovna vodja, je njen mlajši brat opravljal državne zadeve, ki so vključevale diplomatske odnose s sodiščem kitajske dinastije Wei (A. 220 do 65).