Oboroženi upor proti Assadu so najprej organizirali armadni defektorji, ki so poleti 2011 ustanovili Svobodno sirsko vojsko. V njihovih vrstah se je kmalu zateklo na tisoče prostovoljcev, nekateri želijo braniti svoja mesta pred brutalnostjo režima, druge pa vodi tudi ideološko nasprotovanje Assadovi posvetni diktaturi.
Čeprav politična opozicija kot celota predstavlja presek Sirije versko raznolika družba, oboroženi upor vodijo večinoma Sunitska arabska večinazlasti na provinčnih območjih z nizkimi dohodki. V Siriji je tudi več tisoč tujih borcev, sunitskih muslimanov iz različnih držav, ki so se prišli pridružiti različnim islamističnim uporniškim enotam.
Vstaja doslej ni pripravila obsežnega političnega programa, ki bi opisal prihodnost Sirije. Uporniki si delijo skupni cilj rušenja Assadovega režima, vendar gre za to. Velika večina politične opozicije v Siriji pravi, da si želi demokratično Sirijo in mnogi uporniki se načeloma strinjajo, da je treba o svobodi volitev po Assadu odločiti na svobodnih volitvah.
Vendar obstaja močan tok trdih sunitskih islamistov, ki želijo ustanoviti fundamentalistično islamsko državo (ne za razliko od Talibansko gibanje v Afganistanu). Drugi zmernejši islamisti so pripravljeni sprejeti politični pluralizem in versko raznolikost. Kakor koli že, vztrajni sekularisti, ki se zavzemajo za strogo delitev religije in države, so manjšina v uporniških vrstah, večina milic pa ima mešanico sirskega nacionalizma in islamističnih sloganov.
Odsotnost osrednjega vodstva in jasne vojaške hierarhije je ena od ključnih slabosti uporniškega gibanja, ker svobodna sirska vojska ni ustanovila formalnega vojaškega poveljstva. Največja sirijska politična opozicijska skupina, Sirijska nacionalna koalicija, prav tako nima nobenega vzvoda nad oboroženimi skupinami, kar še povečuje, da konflikt ne bo več mogoč.
Približno 100.000 upornikov je razdeljenih na stotine neodvisnih milic, ki lahko usklajujejo operacije na lokalni ravni, vendar ohranijo izrazite organizacijske strukture z intenzivnim rivalstvom za nadzor nad ozemljem in viri. Posamezne milice se počasi združujejo v večje, ohlapne vojaške koalicije - na primer Islamska osvobodilna fronta ali Sirijska islamska fronta -, vendar je postopek počasen.
Ideološke delitve, kot so islamistične vs. laični so pogosto zamegljeni, pri čemer se borci prikradejo za poveljnike, ki lahko ponudijo najboljše orožje, ne glede na njihovo politično sporočilo. Še vedno je še prezgodaj govoriti, kdo bi na koncu morda prevladoval.
Ameriški državni sekretar John Kerry je septembra 2013 dejal, da islamistični skrajneži predstavljajo le 15 do 25% uporniških sil. Študija Jane’s Defense je hkrati objavila oceno števila "džihadistov", povezanih z Al Kaido, na 10.000, še 30-35.000 "trdih islamistov", ki sicer niso formalno usklajeni z Al Kaido, imajo podoben ideološki pogled.
Glavna razlika med obema skupinama je v tem, da "džihadisti"Boj proti Assadu vidijo kot del širšega konflikta proti šiitom (in na koncu zahodu), drugi islamisti so osredotočeni samo na Sirijo.
Da se zadeve še bolj zapletejo, obe uporniški enoti, ki trdita, da Al Kaida banner - Al Nusra Front in Islamska država Irak in Levant - nista v prijateljskih odnosih. Medtem ko zmernejše uporniške frakcije v nekaterih delih države sklepajo zavezništva s skupinami, povezanimi z Al Kaido, na drugih območjih narašča napetost in dejanski boji med rivalskimi skupinami.
Ko gre za financiranje in orožje, si vsaka uporniška skupina ostaja sama. Glavne dobavne linije potekajo od podpornikov sirske opozicije s sedežem v Turčiji in Libanonu. Uspešnejše milice, ki nadzorujejo večje površine ozemlja, zbirajo "davke" od lokalnih podjetij za financiranje svojih dejavnosti in bolj verjetno bodo deležne zasebnih donacij.
Toda trdna islamistična skupina lahko zaide tudi v mednarodne mreže džihadistov, vključno z bogatimi simpatizerji v arabskih zalivskih državah. To postavlja sekularne skupine in zmerne islamiste v precejšen položaj.
Sirska opozicija je podprla Savdska Arabija, Katar in Turčija, vendar so ZDA doslej postavile pokrov pošiljk orožja upornikom v Sirijo, deloma iz strahu, da bodo padle v roke ekstremističnih skupin. Če se bodo ZDA odločile za povečanje svoje vpletenosti v konflikt, bodo morale izbrati upornika poveljnikom, ki mu lahko zaupajo, kar bo nedvomno še bolj razburilo spopad med rivalskimi uporniki enot.