Najzgodnejši stik med obema državama je bil prek trgovcev in raziskovalcev. Kasneje sredi 1800-ih je več ameriških predstavnikov odpotovalo na Japonsko, da bi se pogajalo o trgovinskih sporazumih, med njimi tudi komodor Matthew Perry iz leta 1852, ki je pogajal o prva trgovinska pogodba in Konvencija Kanagawa. Leta 1860 je v ZDA prišla tudi japonska delegacija v upanju na okrepitev diplomatskih in trgovinskih odnosov med državama.
druga svetovna vojna videli so države, ki so se med seboj kopale, potem ko so Japonci leta 1941 bombardirali ameriško mornariško oporišče v Pearl Harboru na Havajih. Vojna se je končala leta 1945, potem ko je Japonska doživela ogromno vzrokov atomsko bombardiranje Hirošime in Nagasaki ter obstreljevanje Tokia.
14. avgusta 1945 se je Japonska predala, kar je vodilo do okupacije zmagovitih zavezniških sil. Po pridobitvi nadzora nad Japonsko, ameriški predsednik Harry Truman imenovan za generala Douglas MacArthur kot vrhovni poveljnik zavezniških sil na Japonskem. Zavezniške sile so si prizadevale za obnovo Japonske, pa tudi za utrditev politične legitimnosti, tako da so javno stale na strani cesarja Hirohita. To je dovoljeno
MacArthur da deluje znotraj političnega sistema. Do konca leta 1945 je bilo na Japonskem približno 350.000 ameriških vojakov, ki so delali na najrazličnejših projektih.Pod zavezniškim nadzorom se je Japonska lotila izjemne preobrazbe, za katero je značilna nova ustava Japonske ki je poudarjal demokratična načela, izobraževalno in gospodarsko reformo ter demilitarizacijo, ki je bila vključena v novo japonsko ustavo. Medtem ko so se reforme odvijale, je MacArthur politični nadzor postopoma preusmeril na Japonce, ki je dosegel vrhunec v San Franciscu leta 1952, ki je uradno končal okupacijo. Ta okvir je bil začetek tesnega odnosa med državama, ki traja do danes.
Za obdobje po San Franciscu je značilno tesno sodelovanje obeh države, pri čemer je na Japonskem na povabilo Japonskih ostalo 47.000 ameriških vojaških vojakov vlada. Gospodarsko sodelovanje ima veliko vlogo tudi v odnosih z ZDA, ki Japonski zagotavljajo znatne zneske pomoči v povojnih obdobjih, saj je Japonska postala zaveznica v Hladna vojna. Partnerstvo je privedlo do ponovnega zbliževanja japonskega gospodarstva, ki ostaja eno najmočnejših gospodarstev v regiji.