Katastrofalne poplave na Rumena reka sprali pridelke, utopili vaščane in spremenili reko, da se ni več srečala z Velikim kanalom. Lačni preživeli iz teh katastrof so začeli misliti, da so njihovi etnični mongolski vladarji Dinastija Yuan, izgubila Nebeski mandat. Ko so ti isti vladarji prisilili od 150.000 do 200.000 svojih kitajskih podložnikov, da so se izkazali za množično delovno telo, da bi še enkrat izkopali kanal in ga pridružili reki, so se delavci uprli. Ta vstaja, imenovana Rdeči turbanski upor, je pomenila začetek konca vladanja Mongola nad Kitajsko.
Prvi vodja Rdečih turbanov Han Shantong je novačil svoje privržence iz prisilnih delavcev, ki so leta 1351 izkopali dno kanala. Hanov dedek je bil vodja sekte Beli Lotus, ki je zagotavljala verske temelje za upor Rdečega Turbana. Oblasti dinastije Yuan so Han Shantonga kmalu prijele in usmrtile, vendar je njegov sin na čelu upora prevzel njegovo mesto. Oba Hansa sta se znala spoprijeti z lakoto svojih privržencev, saj so bili nezadovoljni, ker so bili prisiljeni delati brez plačila vlade, in njihovo globoko nejevoljo, da bi jih vladarji "barbari" vladali iz Mongolija. Na severnem Kitajskem je to privedlo do eksplozije protivladne dejavnosti Rdečega Turbana.
Medtem se je na jugu Kitajske začela druga vstaja Rdečega Turbana pod vodstvom Xu Shouhuija. Imeli so podobne pritožbe in cilje kot tisti na severnih Rdečih Turbanih, vendar oba nista bila nikakor usklajena.
Čeprav so se kmečki vojaki prvotno poistovetili z belo barvo (iz društva White Lotus), so kmalu prešli na veliko bolj luč rdečo barvo. Da bi se identificirali, so nosili rdeče naglavne trakove oz hong jin, kar je vstaji dalo skupno ime kot "Rdeči turbanski upor." Oboroženi s hitrim orožjem in kmetijskimi pripomočki, ne bi smele biti resnična grožnja mongolski vojski centralne vlade, toda dinastija Yuan je bila v nemir.
Sprva je sposoben poveljnik, imenovan glavni svetnik Toghto, lahko sestavil učinkovito silo 100.000 cesarskih vojakov, da bi odložili severne rdeče turbane. To mu je uspelo leta 1352, usmeril je Hanovo vojsko. Rdeči Turbani so leta 1354 še enkrat prešli v ofenzivo in prerezali Veliki kanal. Toghto je sestavil silo, ki je tradicionalno znašala milijon, čeprav je to brez dvoma pretirano pretiravanje. Tako kot se je začel upirati rdečim turbanom, je zaradi dvornih spletk cesar zavrnil Toghto. Njegovi ogorčeni oficirji in številni vojaki so v znak protesta proti njegovi odstranitvi dezertirali, juansko sodišče pa ni moglo najti drugega učinkovitega generala, ki bi vodil prizadevanja proti rdečim turbanom.
V poznih 1350-ih in zgodnjih 1360-ih so se lokalni voditelji Rdečih Turbanov borili med seboj za nadzor nad vojaki in ozemljem. Drug drugemu sta porabila toliko energije, da je Yuan vlada za nekaj časa ostala v relativnem miru. Zdelo se je, kot da se bo upor pod težo ambicij različnih vojskovodov zrušil.
Vendar je sin Han Shantong leta 1366 umrl; nekateri zgodovinarji verjamejo, da se je njegov general Zhu Yuanzhang utopil. Čeprav je minilo še dve leti, je Zhu svojo kmečko vojsko vodil v zajetje mongolske prestolnice v mestu Dadu (Peking) leta 1368. Dinastija Yuan je padla in Zhu je ustanovil novega, etnično-hanskega Kitajci dinastija imenovana Ming.