V nekaterih regijah, kot je južna Indija, so se hindujska kraljestva zadržala in celo odrinila proti plimi muslimanov. Podkontinenta se je soočila tudi z vdori znanih srednjeazijskih osvajalcev Džingis-kan, ki ni bil musliman, in Timur ali Tamerlane, ki je bil.
To obdobje je bilo predhodnik mogalske dobe (1526–1857). The Mogalsko cesarstvo ustanovil ga je Babur, muslimanski knez, ki izvira iz Uzbekistana. Pri poznejših mogolih, zlasti Akbar Veliki, muslimanski cesarji in njihovi hindujski subjekti so dosegli brez primere razumevanje in ustvarili lepo in cvetočo multikulturno, multietnično in versko raznoliko državo.
Leta 1206 nekdanji Mamluk suženj po imenu Qutbubuddin Aibak je osvojil severno Indijo in ustanovil kraljestvo. Poimenoval se je sultan iz Delhija. Aibak je bil srednjeazijski turški govornik, prav tako ustanovitelji treh od naslednjih štirih delhijskih sultanatov. Vse do leta 1526, ko je večina severne Indije vladalo pet dinastij muslimanskih sultanov Babur prišli iz Afganistana in ustanovili dinastijo Moghal.
Leta 1221 je sultan Jalal ad-Din Mingburnu zapustil svojo prestolnico v Samarkandu v Uzbekistanu. Njegovo cesarstvo Khwarezmid je padlo na napredovalne vojske Džingis-kana, njegov oče pa je bil pobit, zato je novi sultan pobegnil proti jugu in vzhodu v Indijo. Mongoli so ob reki Ind v sedanjem Pakistanu ujeli Mingburnu in njegovih 50.000 preostalih čet. Mongolska vojska je bila močna le 30.000, vendar je Perzijce prikovala ob rečni breg in jih pogubila. Sultanu bi se lahko bilo žal, toda odločitev njegovega očeta o umoru mongolskih odposlancev je bila neposredna iskra, pognala mongolska osvajanja Srednje Azije in širše.
Dinastija Chola v južni Indiji je imela eno najdaljših voženj katere koli dinastije v človeški zgodovini. Nekaj časa je bil ustanovljen leta 300 pred našim štetjem in je trajal do leta 1250 CE. Ni enega samega odločilnega boja; raje je sosednje Pandijsko cesarstvo preprosto zraslo v moči in vplivu do te mere, da je zasenčilo in postopoma ugasnilo starodavno politiko Chole. Ta hindujska kraljestva so bila dovolj južna, da so se izognila vplivu muslimanskih osvajalcev, ki prihajajo iz Srednje Azije.
Leta 1290 je padla dinastija Mamluk v Delhiju in na mestu je nastala dinastija Khilji, ki je postala druga od petih družin, ki je vladala Delhijskemu sultanu. Dinastija Khilji bi se lahko obdržala na oblasti le do leta 1320.
Dinamika Khilji je med svojim kratkim, 30-letnim vladanjem, uspešno preprečila številne vdore iz mongolskega cesarstva. Zadnja, odločilna bitka, s katero so se končali poskusi mongolske Indije, je bila bitka pri Jalandharju v 1298, v katerem je hiljijska vojska zaklala približno 20.000 mongol in preživele preživele iz Indije za dobro.
Leta 1320 je nova družina mešane turške in indijske krvi prevzela nadzor nad Delhijskim Sultanatom, s čimer se je začelo obdobje dinastije Tughlaq. Dinastija Tughlaq, ki jo je ustanovil Ghazi Malik, se je razširila proti jugu čez Dekansko planoto in prvič osvojila večino južne Indije. Vendar te teritorialne pridobitve niso trajale dolgo. Do leta 1335 se je Delhijski Sultanat spet zmanjšal na svoje navadno območje na severu Indije.
Zanimivo je, da je slavni maroški popotnik Ibn Battuta služil kot a qadi ali islamski sodnik na sodišču Ghazi Malik, ki je prevzel prestolsko ime Ghyasuddin Tughlaq. Ni bil navdušen nad novim indijskim vladarjem, saj se je lotil različnih mučenj, uporabljenih proti ljudje, ki niso plačali davkov, vključno s solznimi očmi ali raztaljenimi svinci grla. Ibn Battuta je bil še posebej zgrožen, ker so se te grozote izvajale tako nad muslimani kot tudi z neverniki.
Ko je moč Tughlaqa na jugu Indije hitro popustila, je novo hindujsko cesarstvo hitelo zapolniti vakuum moči. Cesarstvo Vijayanagara bi vladalo več kot tristo let od Karnatake. V južno Indijo je prinesla brez primere enotnost, ki je temeljila predvsem na hindujski solidarnosti ob zaznani muslimanski grožnji na severu.
Čeprav je Vijayanagara uspelo združiti večji del južne Indije, so kmalu izgubili rodovitno planoto Deccan, ki se razteza čez pas podkontinenta do novega muslimanskega sultanata. Bahmanski Sultanat je ustanovil turški upornik proti Tughlakom, imenovanim Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Deccana je odpeljal stran od Vijayanagara, njegov sultanat pa je ostal močan več kot stoletje. V 1480-ih pa je Bahmanski Sultanat padel v strm zaton. Do leta 1512 se je odcepilo pet manjših sultanatov. Petnajst let kasneje osrednje države Bahmani ni bilo več. Malim državam naslednicam je v neštetih bitkah in spopadih uspelo preprečiti popolni poraz cesarstva Vijayanagar. Vendar je leta 1686 neusmiljeni cesar Aurengzeb moguljev je osvojil zadnje ostanke Bahmanovega Sultanata.
Madurajski Sultanat, znan tudi kot Ma'barjev Sultanat, je bila še ena regija, ki ji je pripadala turška vladavina, in ki se je osvobodila Delhijskega Sultanata. Madurajski Sultanat je s sedežem daleč proti jugu v Tamil Nadu trajal le 48 let, preden ga je osvojilo kraljestvo Vijayanagara.
Štirinajsto stoletje zahodnega koledarja se je končalo v krvi in kaosu za dinastijo Tughlaq iz Delhijskega Sultanata. Krvno žejni osvajalec Timur, znan tudi kot Tamerlane, je napadel severno Indijo in začel eno za drugim osvajati mesta Tughlaqs. Državljani v prizadetih mestih so bili masakrirani, odsekane glave so bile zložene v piramide. Decembra 1398 je Timur zavzel Delhi, oropal mesto in zabil njegove prebivalce. Tughlaki so se držali oblasti do leta 1414, vendar se njihovo glavno mesto od Timurjevega groze ni okrevalo več kot stoletje.