Ko se je življenje na Zemlji začelo podrejati evolucija in postanejo bolj zapleteni, enostavnejši vrsta celice imenovani prokariot je v daljšem obdobju doživel več sprememb, da bi postale evkariontske celice. Evkarioti so bolj zapleteni in imajo veliko več delov kot prokarioti. Trajalo je več mutacije in preživela naravna selekcija da se evkarioti razvijejo in postanejo razširjeni.
Znanstveniki verjamejo, da je bila pot od prokariotov do evkariotov posledica majhnih sprememb v strukturi in delovanju v zelo dolgih časovnih obdobjih. Sprememba teh celic je logična, saj lahko postanejo bolj zapletene. Ko so evkariontske celice nastale, so lahko nato začele tvoriti kolonije in sčasoma večcelične organizme s specializiranimi celicami.
Večina enoceličnih organizmov ima celično steno okoli svojih plazemskih membran, da jih zaščiti pred nevarnostmi iz okolja. Številne prokariote, kot nekatere vrste bakterij, tudi zaklene druga zaščitna plast, ki jim tudi omogoča, da se držijo površin. Večina prokariotskih fosilov iz
Predkambrijski časovni razpon so bacili ali paličasti, z zelo žilavo celično steno, ki obdaja prokariot.Medtem ko nekatere evkariontske celice, kot so rastlinske celice, še vedno imajo celične stene, mnoge nimajo. To pomeni, da je nekaj časa v evolucijski zgodovini prokariota, celične stene so morale izginiti ali vsaj postati bolj prožne. Prilagodljiva zunanja meja na celici omogoča večjo širitev. Evkarioti so veliko večji od bolj primitivnih prokariotskih celic.
Prožne meje celic se lahko upognejo in zložijo, da ustvarite večjo površino. Celica z večjo površino je učinkovitejša pri izmenjavi hranil in odpadkov s svojim okoljem. Koristi je tudi vnos ali odstranjevanje posebej velikih delcev z uporabo endocitoze ali eksocitoze.
Strukturni proteini znotraj evkariontske celice se združijo in ustvarijo sistem, znan kot citoskelet. Medtem ko izraz "okostje" na splošno spomni na nekaj, kar ustvarja obliko predmeta, ima citoskelet še veliko drugih pomembnih funkcij znotraj evkariontske celice. Mikrofilamenti, mikrotubule in vmesna vlakna ne samo, da pomagajo ohraniti obliko celice, saj se veliko uporabljajo v evkariontskih mitoza, gibanje hranil in beljakovin ter sidranje organelov na mestu.
Med mitozo mikrotubule tvorijo vreteno, ki vleče kromosomi narazen in jih enakomerno porazdeli na dve hčerinski celici, ki nastaneta potem, ko se celica razcepi. Ta del citoskeleta se v centromeru pritrdi na sestrske kromatide in jih enakomerno loči, tako da je vsaka nastala celica natančna kopija in vsebuje vse gene, ki jih potrebuje za preživetje.
Tudi mikrofilamenti pomagajo mikrotubulkam pri premikanju hranil in odpadkov ter na novo izdelanih beljakovin v različnih delih celice. Vmesna vlakna ohranjajo organele in druge dele celic tako, da jih zasidrajo tam, kjer morajo biti. Citoskelet lahko tvori tudi flagele za premikanje celice.
Čeprav so evkarioti edine vrste celic, ki imajo citoskelete, imajo prokariotske celice beljakovine, ki so po zgradbi zelo blizu tistim, ki se uporabljajo za ustvarjanje citoskeleta. Verjamemo, da so te bolj primitivne oblike proteinov doživele nekaj mutacij, zaradi katerih so se združile in tvorile različne dele citoskeleta.
Najpogostejša identifikacija evkariontske celice je prisotnost jedra. Glavna naloga jedra je nastanitev DNKali genetske informacije o celici. V prokariotu se DNK nahaja ravno v citoplazmi, običajno v obliki enega obroča. Evkarioti imajo DNK znotraj jedrske ovojnice, ki je organizirana v več kromosomov.
Ko se je celica razvila prožna zunanja meja, ki se je lahko upogibala in zložila, je verjetno, da je bil blizu te meje najden DNK obroč prokariota. Ko se je upognil in zložil, je obkrožil DNK in se priklenil, da je postala jedrska ovojnica, ki obdaja jedro, kjer je zdaj zaščitena DNK.
Sčasoma se je DNK v obliki obroča razvil v tesno navito strukturo, ki ji danes rečemo kromosom. To je bila ugodna prilagoditev, tako da se DNK med mitozo ali mejozo ne zaplete ali neenakomerno cepi. Kromosomi se lahko odvijejo ali odvijejo, odvisno od tega, v kateri fazi celičnega cikla je.
Zdaj, ko se je jedro pojavilo, so se razvili drugi sistemi notranjih membran, kot sta endoplazemski retikulum in Golgijev aparat. Ribosomi, ki je bil v prokariotih le sorte prosto plavajočih, so se zdaj zasidrali na delih endoplazemskega retikuluma, da bi pomagali pri sestavljanju in gibanju beljakovin.
Z večjo celico pride do potrebe po več hranilnih snovi in proizvodnje več beljakovin s transkripcijo in prevodom. Skupaj s temi pozitivnimi spremembami se pojavlja tudi problem več odpadkov znotraj celice. Spremljanje zahteve po odstranjevanju odpadkov je bil naslednji korak v razvoju moderne evkariontske celice.
Prožna meja celic je zdaj ustvarila vse vrste gub in se lahko po potrebi stisnila, da bi ustvarila vakuole, da bi delce vnesli v celico in iz nje. Prav tako je naredila nekaj podobnega kot zaporna celica za izdelke in odpadke, ki jih je celica proizvajala. Sčasoma so nekatere od teh vakuolov lahko zadržale prebavni encim, ki lahko uniči stare ali poškodovane ribosome, napačne beljakovine ali druge vrste odpadkov.
Večina delov evkariontske celice je bila narejena znotraj ene prokariontske celice in ni bila potrebna interakcija drugih posameznih celic. Vendar imajo evkarioti nekaj zelo specializiranih organelov, za katere se je mislilo, da so nekoč lastne prokariotske celice. Primitivne evkariontske celice so imele sposobnost, da bi stvari zajele s pomočjo endocitoze, nekatere stvari, ki so jih morda prijele, pa so videti manjši prokarioti.
Znan kot Endosimbiotska teorija, Lynn Margulis predlagal, da je mitohondrija ali del celice, ki daje uporabno energijo, nekoč prokariot, ki ga je primitivni evkariot zajel, vendar ga ni prebavil. Prvi energijski mitohondriji so verjetno poleg tega, da so celici pomagali, preživeli novejšo obliko ozračja, ki je zdaj vsebovala kisik.
Nekateri evkarioti se lahko podvržejo fotosintezi. Ti evkarioti imajo posebno organelo, imenovano kloroplast. Obstajajo dokazi, da je bil kloroplast prokariot, podoben modrozeleni algi, ki je bila zajeta podobno kot mitohondriji. Nekoč je bil del evkariota, zdaj je lahko eukariot pridelal svojo hrano s sončno svetlobo.