Mongolija je visok, hladen in suh. Ima izjemno kontinentalno podnebje z dolgimi, hladnimi zimami in kratkimi poletji, med katerimi pade večina padavin. Država povprečno šteje 257 brezvetrnih dni na leto in je običajno v središču območja visokega atmosferskega tlaka. Padavine so največ na severu, ki znaša od 20 do 35 centimetrov na leto, najmanj pa na jugu, ki dobi od 10 do 20 centimetrov (glej sliko. 5). Skrajni jug je Gobi, v nekaterih regijah v večini let sploh ni padavin. Ime Gobi je mongolščina, ki pomeni puščava, depresija, slano barje ali stepa, vendar se običajno nanaša na kategorija sušnega območja z nezadostno vegetacijo za podpiranje marmogov, vendar z dovolj za podporo kamele. Mongoli ločiti gobija od pravega puščave, čeprav razlikovanje ni vedno očitno tujcem, ki jih ne pozna mongolska pokrajina. Gobišča so krhka in jih zlahka uničimo s prekomerno pašo, kar povzroči širitev prave puščave, kamnitega odpadka, kjer ne morejo preživeti niti baktriške kamele.
Povprečne temperature v večjem delu države so od novembra do marca pod lediščem in aprila in oktobra zamrznejo. Povprečna januarska in februarska temperatura -20 ° C, zimske noči -40 ° C se pojavljajo v večini let. Poletne skrajnosti dosegajo do 38 ° C v južni regiji Gobi in 33 ° C v Ulaanbaatarju. Več kot polovico države pokriva večna zmrzal, kar otežuje gradbeništvo, gradnjo cest in rudarjenje. Pozimi zamrznejo vse reke in sladkovodna jezera, manjši potoki pa navadno zmrznejo na dno. Ulaanbaatar leži na 1.351 metrih nadmorske višine v dolini reke Tuul Gol. Nahaja se na razmeroma dobro zalivanem severu in dobi povprečno 31 centimetrov letnega povprečja
Za vreme Mongolije je poleti značilna izjemna spremenljivost in kratkoročna nepredvidljivost, večletno povprečje pa prikriva velike razlike v padavinah, datumih zmrzaliter pojavi mehurja in spomladanskih prašnih neviht. Takšno vreme predstavlja hude izzive za preživetje ljudi in živine. Uradna statistika navaja manj kot 1 odstotek države kot obdelovalne površine, 8 do 10 odstotkov kot gozd, preostanek pa kot pašnik ali puščava. Zrnje, večinoma pšenica, gojijo v dolinah sistema reke Selenge na severu, vendar donosi nihajo široko in nepredvidljivo zaradi količine in časa dežja ter datumov ubijajo zmrzali. Čeprav so zime na splošno hladne in jasne, so občasne meča ki ne odlagajo veliko snega, vendar travo prekrijejo z dovolj snega in ledu, da paša ne bo mogoča in pokonča več deset tisoč ovac ali goveda. Takšne izgube živine, ki so neizogibna in v določenem smislu normalna posledica podnebja, otežujejo doseganje načrtovanega povečanja števila živine.