Krvava zgodovina konflikta Hutu in Tutsi obarval 20. stoletje, od pokola leta 1972 do približno 120.000 Hutusovvojska Tutsi v Burundiju do leta 1994 Genocid v Ruandi kjer je bilo v samo 100 dneh, ko so milice Hutu ciljale na Tutsis, umrlo okoli 800.000 ljudi.
Toda mnogi opazovalci bi bili presenečeni, ko bi izvedeli, da je dolgoletni konflikt med Hutusi in Tutsi nima nobene zveze z jezikom ali religijo - govorijo iste jezike Bantuja kot francosko in na splošno prakticirajte krščanstvo- in veliko genetikov je bilo težko najti izrazite etnične razlike med obema, čeprav so na splošno Tutsiji opazili, da so višji. Mnogi verjamejo, da je nemščina in Belgijski kolonizatorji poskušal najti razlike med Hutujem in Tutsijem, da bi bolje uvrstil domorodne narode v svoje popise.
Razred vojskovanja
Na splošno prepiri Hutu-Tutsi izvirajo iz razrednega bojevanja, pri čemer naj bi Tutsis imel večje bogastvo in socialni status (kot tudi naklonjenost goveda gojiteljem nad tistim, ki ga vidimo kot nižjega razreda kmetovanja Hutusi). Te razredne razlike, ki so se začele v 19. stoletju, so se stopnjevale s kolonizacijo in so eksplodirale konec 20. stoletja.
Poreklo Ruande in Burundija
Menijo, da so tutsi izvirali iz Etiopije in so prišli po Hutuju Čad. Tutsi so imeli monarhijo iz 15. stoletja; to je bilo na začetku belgijskih kolonizatorjev na začetku 60. let prejšnjega stoletja strmoglavljeno in Hutu je oblast prevzel oblast v Ruandi. V Burundiju pa vstaja Hutu ni uspela in Tutsi so nadzirali državo.
Ljudje Tutsi in Hutu so se v 19. stoletju medsebojno ukvarjali že pred evropsko kolonizacijo. Po nekaterih virih so prebivalci Hutuja prvotno živeli na tem območju, Tutsi pa so se odselili regiji Nil. Po prihodu so se Tutsi uspeli uveljaviti kot voditelji na območju z malo konfliktov. Medtem ko so ljudje Tutsi postali "aristokracija", je bilo veliko poroko.
Leta 1925 so Belgijci kolonizirali območje in ga poimenovali Ruanda-Urundi. Namesto da bi ustanovili vlado iz Bruslja, pa so Belgijci Tutsija postavili na zadolžitev za podporo Evropejcev. Ta odločitev je privedla do izkoriščanja Hutov v rokah Tutsij. Z začetkom leta 1957 so se Hutusi uprli njihovemu ravnanju in napisali manifest ter uprizorili nasilne akcije proti Tutsijem.
Leta 1962 je Belgija zapustila območje in oblikovali sta se dve novi državi, Ruanda in Burundi. Med leti 1962 in 1994 so se med Hutusi in Tutsiji zgodili številni nasilni spopadi; vse to je vodilo do genocida leta 1994.
Genocid
6. aprila 1994 je bil Huatov predsednik Ruande Juvénal Habyarimana umorjen, ko je bilo njegovo letalo sestreljeno v bližini mednarodnega letališča Kigali. V napadu je bil prav tako umorjen Hutu predsednik Burundija Cyprien Ntaryamira. To je sprožilo ohlapno dobro organizirano iztrebljanje Tutsis s strani Hutu milic, čeprav krivda za letalski napad še nikoli ni bila ugotovljena. Zelo razširjeno je bilo tudi spolno nasilje nad ženskami Tutsi in Združeni narodi priznal je le, da so se "dejanja genocida" zgodila dva meseca po tem, ko se je poboj začel.
Po genocidu in ponovnem nadzoru tutisov je približno 1,3 milijona Hutusov zbežalo v Burundi v Tanzaniji(od koder jih je pozneje vlada izgnala več kot 10.000), Ugando in vzhodni del Demokratična republika Kongo, kjer je danes velik poudarek konflikta Tutsi-Hutu.Uporniki Tutsi v Demokratični republiki Kongo obtožujejo vlado, da je skrbela za milice Hutu.