Med številnimi izbirami je teh pet madežev najpogostejši, začenši z blatom etidija, ki je najbolj razširjen. Pri delu s tem postopkom je pomembno, da ne poznate le razlik med madeži, temveč tudi z njim povezana tveganja za zdravje.
Etilijev bromid je verjetno najbolj znano barvilo, ki se uporablja za vizualizacijo DNK. Lahko ga uporabimo v mešanici gela, puferju za elektroforezo ali obarvamo gel po tem, ko ga zaženemo.
Molekule barvila se oprijemajo pramenov DNK in fluorescirajo pod UV svetlobo, kar vam natančno pokaže, kje so pasovi znotraj gela. Slaba stran je, da je etidijev bromid potencialno rakotvoren, zato je treba z njim ravnati zelo previdno.
Zlato barvilo SYBR lahko uporabimo za obarvanje dvojne ali enoverižne DNK ali za obarvanje RNA. SYBR Gold se je znašel na trgu kot ena prvih alternativ za etidijev bromid in velja za občutljivejšega.
Ker je fluorescenca nevezane molekule tako nizka, odstranjevanje destilatov ni potrebno. Molekularne sonde imetnika licence so (od lansiranja SYBR Gold) razvile in tržile tudi SYBR Safe in SYBR Green, ki sta varnejša alternativa etidijevim bromidom.
Madeži SYBR Green I in II (spet jih trži Molekularne sonde) so optimizirani za različne namene. Ker se vežejo na DNK, še vedno veljajo za potencialne mutagene, zato je treba z njimi ravnati previdno.
SYBR Green I je več občutljiv za uporabo z dvojno verigo DNK, medtem ko je SYBR Green II na drugi strani najboljši za uporabo z enoverižno DNK ali RNA. Tako kot priljubljeni etidijev bromidni madež tudi ti zelo občutljivi madeži fluorescirajo pod UV svetlobo.
Proizvajalec priporoča obe SYBR Green I in II uporabo s "254 nm epi-osvetlitvijo Polaroid 667 black in beli film in fotografski filter za obarvanje z zelenim gelom SYBR "za dosego odkritja 100 pg RNA ali enoverižne DNK na zasedba.
SYBR Safe je bil zasnovan kot varnejša alternativa Etidium Bromide in drugim SYBR madežem. Ne velja za nevarne odpadke in jih je na splošno mogoče odstraniti prek običajnih kanalizacijskih sistemov (t.j. ob iztoku), ker testi strupenosti kažejo, da ni akutne strupenosti.
Tudi testiranje označuje na celicah sirskega zarodka hrčka (SHE), človeških limfocitih, celicah mišjih limfomov ali na geni toksičnosti v AMES-testu je le malo ali jih sploh ni. Madež lahko uporabite s transiluminatorjem modre svetlobe, ki povzroči manj škode pri vizualizaciji DNK in nudi boljšo učinkovitost za kasnejše kloniranje.
Prav tako je dobra izbira, če za obnovo DNK uporabljate gele z nizko tališčem. Je zelo stabilen pri visokih temperaturah in ima zelo nizko fluorescenco, sam pa je zelo fluorescenčen, če je vezan na DNK. Dokazano je tudi, da ima Eva Green zelo nizko ali da nobene citotoksičnosti oz mutagenost.