Od vseh živih plazilcev danes so krokodili morda najmanj spremenjeni od svojih prazgodovinskih predzgodov poznega Kreda pred več kot 65 milijoni let, čeprav so bili še prej zgodnji krokodili Triasno in Jurski obdobja, ki jih nekateri izrazito označujejo lastnosti, ki niso podobne krokodilu, kot so dvopedne drže in vegetarijanska dieta.
Skupaj z pterozavri in dinozavri, krokodili so potomka arhozavri, "vladajoči kuščarji" zgodnjega do srednjega triasnega obdobja; Ni treba posebej poudarjati, da sta si najzgodnejši dinozavri in najzgodnejši krokodili podobno pomenili drug drugega kot prvi pterozavri, ki so se razvili tudi iz arhozavrov. Kaj je razlikovalo prve krokodile od prvi dinozavri je bila oblika in muskulatura njihovih čeljusti, ki sta se nagibali veliko bolj smrtonosno, pa tudi njuni sorazmerno razpokani okončine - v nasprotju z ravnimi, "zaklenjenimi" nogami tepodskih dinozavrov. Šele v mezozojski dobi so krokodili razvili tri glavne lastnosti, s katerimi so danes povezani: trmaste noge, mehke, oklepna telesa in morski način življenja.
Prvi krokodili iz triasnega obdobja
Preden so se na prazgodovinskem prizorišču pojavili prvi pravi krokodili, so bili fitosavri (rastlinski kuščarji): arhozavri, ki so izgledali zelo podobni krokodilom, le da so njihove nosnice nameščene na vrhovih glav, ne pa na konicah njihovih gobec. Iz njihovega imena boste morda uganili, da so fitosavri vegetarijanci, toda v resnici so ti plazilci živeli na ribah in morskih organizmih v sladkovodnih jezerih in rekah po vsem svetu. Med najpomembnejšimi so bili fitosavri Rutiodon in Mystriosuchus.
Nenavadno so bili fitosavri, razen značilne lokacije nosnic, bolj podobni sodobnim krokodilom kot prvi pravi krokodili. Najzgodnejši krokodili so bili majhni, kopenski, dvonogi šprinterji, nekateri pa so bili celo vegetarijanci (predvidoma zato, ker so bili njihovi bratranci dinozavrov bolje prilagojeni na lov na živi plen). Erpetosuchus in Doswellia sta dva vodilna kandidata za čast "prvega krokodila", čeprav natančni evolucijski odnosi teh zgodnjih arhozavrov še vedno niso prepričani. Druga verjetna izbira so prerazvrščeni Xilousuchus, iz zgodnje triasne Azije, jadralni arhozaver z nekaj izrazitimi krokodilijskimi lastnostmi.
Ne glede na to, je pomembno razumeti, kako zmedeni so bili dejstva na terenu med srednjim in poznim triasnim obdobjem. Del superkontinenta Pangea, ki ustreza sodobni Južni Ameriki, se je plazil z dinozavrom krokodili, krokodili dinozavri in (domnevno) zgodnji pterozavri, ki so bili podobni krokodilom in dinozavri. Šele na začetku jurskega obdobja so se dinozavri začeli razvijati po značilni poti svojih krokodilskih bratrancev in počasi uveljavili svojo svetovno prevlado. Če bi se vrnili v čas pred 220 milijoni let in vas pogoltnili celo, verjetno ne bi mogli označiti svojega krokarja kot krokodila ali dinozavra.
Krokodili mezozojske in kenozojske dobe
Do začetka Jurski V obdobju (pred približno 200 milijoni let) so krokodili večinoma opustili zemeljski življenjski slog, verjetno kot odgovor na zemeljsko prevlado dinozavrov. Takrat začnemo videti morske prilagoditve, ki so značilne za sodobne krokodile in aligatorje: dolga telesa, poševne okončine in ozke, ravne oz. zobato gobci z močnimi čeljustmi (nujna inovacija, saj se krokodili hranijo z dinozavri in drugimi živalmi, ki so se odpravile preblizu voda). Še vedno je bilo prostora za inovacije. Tako na primer verjamejo paleontologi Stomatosuchus obsojen na planktonu in krilu, kot sodobni sivi kit.
Pred približno 100 milijoni let proti sredini krede so nekateri južnoameriški krokodili začeli posnemati svoje sestrične dinozavre, tako da so se razvili do ogromnih velikosti. Kralj krednih krokodilov je bil ogromen Sarcosuchus, ki so ga mediji poimenovali "SuperCroc", ki je meril približno 40 čevljev od glave do repa in tehtal v bližini 10 ton. In ne pozabimo na nekoliko manjše Deinosuchus, "deino" v svojem imenu pomeni isti koncept kot "dino" pri dinozavrovih: "grozno" ali "strašljivo." Ti orjaški krokodili so verjetno podlegli o enako velikanskih kačah in želvah - južnoameriškem ekosistemu na splošno, ki ima nenavadno podobnost otoku lobanje iz filma "Kralj Kong. "
Eden od načinov, kako so prazgodovinski krokodili res bolj impresionirali kot prizemni sorodniki, je bila njihova sposobnost preživetja Dogodek izumrtja K-T ki je pred 65 milijoni let obrisal dinozavre z obraza zemlje. Zakaj je tako, ostaja a skrivnost, čeprav je morda pomemben namig, da meteorski vpliv ni preživel noben velik krokodil. Današnji krokodili so od svojih prazgodovinskih prednikov malo spremenjeni, kar kaže na to, da so bili ti plazilci izredno dobro prilagojeni svojemu okolju.