Obstaja toliko znanstvenih dejstev, ki jih znanstveniki in celo širša javnost v sodobni družbi jemljejo za samoumevne. Vendar pa o mnogih disciplinah, za katere mislimo, da so zdrave pameti, še ni bilo treba razpravljati v 1800-ih, ko Charles Darwin in Alfred Russel Wallace so najprej postavili teorijo evolucije skozi naravna selekcija. Medtem ko je bilo Darwin vedeti kar nekaj dokazov, ko je formuliral svojo teorijo, je bilo zdaj veliko stvari, ki jih Darwin ni vedel.
Genetikaali študija, kako se lastnosti prenašajo s staršev na potomce, še ni bila razvita, ko je Darwin napisal svojo knjigo O izvoru vrst. Večina znanstvenikov tistega obdobja se je strinjala, da so potomci resnično dobili svoje fizične lastnosti od svojih staršev, vendar kako in v kakšnih razmerjih ni jasno. To je bil eden glavnih argumentov nasprotnikov Darwina v tistem času proti njegovi teoriji. Darwin na zadovoljstvo zgodnje protievolucijske množice ni mogel razložiti, kako se je to dedovanje zgodilo.
To je bilo šele pozno 1800 in zgodnje 1900s
Gregor Mendel se je s svojimi rastlinami graha ukvarjal s spreminjanjem iger in postal znan kot "oče genetike." Čeprav je bilo njegovo delo zelo dobro, je imel matematične podpore in bilo je pravilno, da je trajalo kar nekaj časa, da je kdo spoznal pomen Mendlovega odkritja področja genetika.Ker področje genetike ni obstajalo do 1900-ih, znanstveniki iz Darwinovega časa niso iskali molekule, ki bi prenašala genetske informacije iz roda v rod. Ko je disciplina genetike postala bolj razširjena, je veliko ljudi dirkalo, da bi odkrili, katera molekula je ta podatek nosila. Končno je bilo dokazano, da DNK, sorazmerno preprosta molekula z le štirimi različnimi gradniki, je dejansko nosilec vseh genetskih informacij za vse življenje na Zemlji.
Darwin ni vedel, da bo DNK postanejo pomemben del njegove teorije evolucije. Pravzaprav se je imenovala podkategorija evolucije mikroevolucija v celoti temelji na DNK in mehanizmu prenosa genetskih informacij s staršev na potomce. Odkritje DNK, njegove oblike in gradniki so omogočili sledenje tem spremembam, ki se naberejo sčasoma, za učinkovito vodenje evolucije.
Še en del uganke, ki posodi dokaze Sodobna sinteza evolucijske teorije je veja razvojne biologije imenovana Evo-Devo. Darwin se ni zavedal podobnosti med skupinami različnih organizmov s tem, kako se razvijajo od oploditve skozi odraslo dobo. To odkritje ni bilo očitno dolgo, ko so bili na voljo številni napredki tehnologije, na primer močni mikroskopi, in v in vitro testi in laboratorijski postopki so bili izpopolnjeni.
Znanstveniki lahko danes preučijo in analizirajo, kako se enocelična zigota spreminja na podlagi znakov DNK in okolja. Znajo izslediti podobnosti in razlike različnih vrst in jih izslediti do genskega koda v vsaki jajčne celice in sperme. Številni mejniki razvoja so enaki med zelo različnimi vrstami in kažejo na idejo, da obstaja nek skupni prednik, kako živeti stvari nekje na drevesu življenja.
Čeprav je Charles Darwin imel dostop do precej kataloga fosili ki so ga odkrili že v 1800. letih, je bilo od njegove smrti toliko dodatnih fosilnih odkritij, ki so pomemben dokaz, ki podpira teorijo evolucije. Mnogi od teh "novejših" fosilov so človeški predniki ki pomagajo Darwinovi ideji o "sestopu skozi modifikacijo" ljudi. Medtem ko je bila večina njegovih dokazov naključna, ko je prvič domneval, da gre za ljudi primati in so bili povezani z opicami, je bilo od takrat najdeno veliko fosilov, ki zapolnjujejo praznine človeške evolucije.
Medtem ko je ideja o človeški evoluciji še vedno zelo a sporna tema, se odkriva vedno več dokazov, ki pomagajo okrepiti in pregledati Darwinove prvotne ideje. Ta del evolucije bo najverjetneje ostal sporen, dokler ne bodo vsi vmesni najdeno je bilo fosilov človeške evolucije ali religije in verskih prepričanj ljudi preneha obstajajo. Ker se to verjetno ne bo zgodilo, bo še naprej obstajala negotovost glede človekove evolucije.
Drug dokaz, ki ga moramo zdaj podpreti v teoriji evolucije, je, kako se bakterije lahko hitro prilagodijo, da postanejo odporne na antibiotike ali druga zdravila. Čeprav so zdravniki in zdravniki v mnogih kulturah plesni uporabljali kot zaviralec bakterij, je bilo prvo razširjeno odkritje in uporaba antibiotikov, kot je penicilin, se je pojavila šele po smrti Darwina. Pravzaprav predpisovanje antibiotikov za bakterijske okužbe ni postalo pravilo šele sredi petdesetih let.
Šele leta, ko je široka uporaba antibiotikov postala običajna, so znanstveniki razumeli, da lahko nenehna izpostavljenost antibiotikom povzroči bakterije, da se razvijajo in postanejo odporni na inhibicijo, ki jo povzročajo antibiotiki. To je pravzaprav zelo jasen primer naravne selekcije v akciji. Antibiotiki uničijo vse bakterije, ki niso nanj odporne, vendar pa bakterije, ki so odporne na antibiotike, preživijo in uspevajo. Sčasoma bodo delovali le bakterijski sevi, ki so odporni na antibiotik, aliPreživetje najmočnejšega"so se zgodile bakterije.
Res je, da je Charles Darwin imel omejeno količino dokazov, ki bi lahko spadali v kategorijo filogenetike, vendar se je veliko spremenilo, odkar je prvič predlagal Teorijo evolucije. Karolus Linnej Darwin je preučeval svoje podatke, ki so mu pomagali pri oblikovanju svojih idej, imel vzpostavljen sistem poimenovanja in kategorizacije.
Toda od njegovih odkritij se je filogenetski sistem močno spremenil. Sprva so bile vrste postavljene na filogenetsko drevo življenja na podlagi podobnih fizičnih lastnosti. Številne klasifikacije so bile spremenjene od odkritja biokemijskih testov in zaporedja DNK. Preurejanje vrst je z identifikacijo vplivalo in okrepilo teorijo evolucije prej zgrešeni odnosi med vrstami in ko so se te vrste odcepile od skupnega predniki.